Obdobie reformácie a protireformácie

Od polovice 17. storočia začali v celom Uhorsku náboženské spory, ktorým sa nevyhol ani Púchov. V Púchove načas zanikla správa evanjelickej farnosti - k opätovnému obnoveniu evanjelickej cirkvi došlo až počas stavovských povstaní. Uhorské stavy na čele so šľachtou sa búrili proti habsburgským centralizačným snahám a obmedzovaniu náboženských slobôd. Púchovskí evanjelici využili úspechy povstania Imricha Tököliho a v rokoch 1680 - 1681 obnovili cirkev. O dva roky neskôr však Tököli utiekol z krajiny a porážka jeho povstania mala dopad aj na život v Púchove. V roku 1685 bol evanjelikom opäť odobratý kostol. Spory sa ešte vyostrili po odchode nábožensky tolerantných Rákocziovcov z Lednického hradu v roku 1700, ktorí celé panstvo odovzdali do zálohy nitrianskemu biskupovi Ladislavovi Maťašovskému. Evanjelická cirkev bola obnovená po tretí raz o štyri roky neskôr počas veľkého stavovského povstania Františka Rákocziho II.

Okrem evanjelikov zaujímali v Púchove významné miesto aj členovia Jednoty bratskej. Púchov sa stal jedným z najvýznamnejších stredísk Bratov, ktorý sa vyrovnával Skalici či poľskému Lešnu. Rákocziovci, ktorí im usadenie v Púchove povolili, sa hlásili ku kalvínskemu spôsobu reformácie. Exulanti predstavovali významný hospodársky prínos, a tak knieža Rákoczi neprijímal exulantov ani tak z náboženského, ako skôr z ekonomického hľadiska.

Náboženské spory neustávali a trvali až do druhej polovice 18. storočia. V tom čase už rekatolizačné snahy slabli a definitívne ustali po vydaní tolerančného patentu cisárom Jozefom II.